Kommersøya ble ved kongelig resolusjon av 30/6 2006
fredet. Her en oversikt over fredningsområdene, og hovedtrekkene for bruk av øya.
Formålet med fredningen er å bevare et spesielt naturområde med sitt biologiske mangfold i form av naturtyper, økosystemer, arter og naturlige økologiske prosesser.
Området har også s&aeleg;rskilt vitenskapelig betydning som referanseområde for Oslofeltets fossilførende bergarter og har en egenartet vegetasjon og et egenartet dyreliv som er knyttet til de kambrosiluriske bergarter øya er bygget opp av.
I sone A er et delmål å bevare vegetasjon og dyreliv, herunder fugleliv.
I sone B er et delmål å bevare en viktige lokalitet for forståelsen av Oslofeltets fossilførende bergarter
Vernebestemmelser. (forkortet)
1. Vegetasjonen, herunder døde busker og tr&aeleg;r, er fredet mot skade og ødeleggelse. Det er forbudt å fjerne planter eller plantedeler fra reservatet.
2. Dyrelivet, herunder reirplasser og hiområder, er fredet mot skade og ødeleggelse. Jakt, fangst og bruk av skytevåpen er forbudt. Hunder skal holdes i bånd.
3. Det må ikke iverksettes tiltak som kan endre naturmiljøet, som f.eks. oppføring av bygninger, anlegg og varige eller midlertidige innretninger, brakker o.l, oppsetting av telt, bålbrenning, opplag av båter, framføring av luftledninger, jordkabler osv. osv.
I sone B er det i tillegg forbud mot hammerbruk, kiling, boring og sprenging. Videre er innsamling av prøver fra fast fjell forbudt. Det er også forbudt å risse eller male inn tegn, figurer o.l. i fjell eller på steinblokker. Det er lov å ta med løse steiner til personlig samlerformål.
4. Motorferdsel, herunder start og landing med luftfartøy, er forbudt.
5. Camping, teltslagning og oppsetting av kamuflasjeinnretninger for fotografering er forbudt.
6. Bruk av reservatet til idrettsarrangementer eller andre større arrangementer er forbudt.
7. Direktoratet for naturforvaltning kan av hensyn til fredningsformålet ved forskrift forby eller regulere ferdselen i hele eller deler av naturreservatet.